Quả mắc ca chứa rất nhiều dầu, thông thường tại các cửa hàng thường bán hạt mắc ca đã nứt vỏ vì vậy việc bảo quản hạt mắc ca rất được chú trọng để đảm bảo hạt luôn thơm ngon và không nấm mốc. Cách bảo quản hạt mắc ca tốt nhất đó là bảo quản hạt mắc ca trong túi kín và ở môi trường khô mát.